3. Eleme turunda, 2. Eleme turunu geçen 23 takımın yanı sıra Süper Lig'den Yeni Malatyaspor, Hes Kablo Kayserispor, MKE Ankaragücü, Atakaş Hatayspor, Büyükşehir Belediye Erzurumspor, Fatih Karagümrük, TFF 1. Lig'de yer alan 18 takım, Misli.com 2. Lig'den 39 takım olmak üzere toplam 86 takım olacak.
Kupa statüsünün 2A-c maddesinde belirtildiği üzere, bu 86 takımdan 43 takım seri başı olacak ve müsabakalar seri başı takımların sahasında oynanacak. 3. Eleme turu tek maç eleminasyon sistemine göre oynanacak.
Bu sezonki uygulama gereği 3. Eleme Turu kura çekimini, TFF Yönetim ve İcra Kurulu Üyesi, A Milli Takım eski Kaptanı Hamit Altıntop ile kupanın son şampiyonu Trabzonspor'un kaptanlarından Hamdi Aslan gerçekleştirdi. Bu uygulama ilerleyen turların kura çekimlerinde yeni isimlerle devam edecek.
